研究結(jié)果也許能作為未來治療HIV 病患的潛在治療方案

上周在加拿大蒙特利爾召開的第16 屆逆轉(zhuǎn)錄病毒及機(jī)會性感染會議（CROI）上公布的兩項(xiàng)研究的最新數(shù)據(jù)證明，羅氏旗下454 生命科學(xué)公司Genome Sequencer FLX 系統(tǒng)的超深度測序（ultra-deep sequencing）與傳統(tǒng)方法相結(jié)合，有望加深對病毒抗性和嗜性的基本了解，從而促進(jìn)未來可供HIV 病人選擇的新藥開發(fā)。用于綜合治療的有效藥物篩選是確保病人可以最佳方式長期抑制HIV 及防止疾病向艾滋病（AIDS）方向發(fā)展的關(guān)鍵。

逆轉(zhuǎn)錄病毒及機(jī)會性感染會議（CROI）上公布的研究結(jié)果由羅馬大學(xué)Tor Vergata和Virco BVBA 的科學(xué)家在Virco 實(shí)驗(yàn)室最新進(jìn)行的系列聯(lián)合研究中完成。研究人員分析和解釋了用Genome Sequencer FLX 系統(tǒng)對HIV 感染樣品進(jìn)行測序所得到的結(jié)果。這項(xiàng)研究探討了HIV 對一種叫做整合酶抑制劑的新型藥物的耐藥性，并且深入研究了病毒嗜性。454 測序系統(tǒng)的超深度方法比較于傳統(tǒng)的測序方法，能顯著提高檢測低頻病毒變異--即病毒準(zhǔn)種的靈敏性。

第一項(xiàng)研究分析了長期接受抗逆轉(zhuǎn)錄病毒治療的患者在接受整合酶抑制劑raltegravir 和優(yōu)化核心療法的綜合治療的情況。這項(xiàng)研究在多個時間點(diǎn)對樣品同時進(jìn)行多種分析，包括傳統(tǒng)Sanger 基因分型、體外表型分型和超深度測序。結(jié)果研究人員發(fā)現(xiàn)，治療失敗的病人體內(nèi)存在多種病毒準(zhǔn)種，其水平遠(yuǎn)低于常規(guī)檢測下限，而治療成功的病患體內(nèi)這樣的病毒準(zhǔn)種數(shù)量要少得多。研究人員推測許多不同株的病毒共存或許有利于耐藥性的發(fā)展，并最終導(dǎo)致治療失敗。

研究人員進(jìn)一步提出，在基線水平上鑒別的病毒準(zhǔn)種與治療失敗之間的相關(guān)性可能以一種更復(fù)雜的途徑發(fā)生，其復(fù)雜性超過了目前已知的由單純藥物驅(qū)動的初級突變選擇。Vergata 大學(xué)Perno 教授表示，“454 測序技術(shù)的這種可識別極低水平突變的能力，為研究HIV 如何對新藥（比如整合酶抑制劑）產(chǎn)生耐藥性提供了新觀點(diǎn)”，他的同事Ceccherini-Silberstein 博士補(bǔ)充道，“這項(xiàng)技術(shù)可完善現(xiàn)有的技術(shù)，也為HIV研究提供了顯著的增值價(jià)值。”

在第二項(xiàng)研究中，研究人員對來自HIV 感染患者的分離病毒株進(jìn)行分析，包括傳統(tǒng)的表型分型和基因型分型，以及深度測序分析，以了解HIV 病毒嗜性。HIV 嗜性是指一個病人特定的HIV 病毒在進(jìn)入人類CD4 細(xì)胞進(jìn)行繁殖時選擇CCR5、CXCR4 兩個協(xié)同受體中的哪一個的偏向性。確定一個HIV 病毒株采用的協(xié)同受體是CCR5、CXCR4，還是兩者的結(jié)合，正是監(jiān)控和治療HIV 的一個關(guān)鍵步驟。雙嗜性（dual tropic）病毒能
利用協(xié)同受體中的任一個或者兩個以進(jìn)入細(xì)胞。在這項(xiàng)研究中，研究人員利用454 測序系統(tǒng)V3 深度測序分析了10 個隨機(jī)挑選的雙嗜性分離株，并在人類免疫細(xì)胞中研究其對包含CCR5 拮抗劑和CXCR4 拮抗劑AMD3100 的治療方案的敏感性。

通過這些樣品，研究人員發(fā)現(xiàn)雙嗜性病毒大多屬于可能使用R5 和CXCR4 受體的準(zhǔn)種，而不是使用R5 和X4 受體的準(zhǔn)種，這是有關(guān)HIV 病毒如何適應(yīng)性選擇進(jìn)入人類目標(biāo)細(xì)胞CD4 細(xì)胞的協(xié)同受體的一種新觀點(diǎn)。VIRCO BVBA 研發(fā)部副主席Lieven Stuyver博士表示，“這種分析有助于更好的理解HIV 協(xié)同受體嗜性的復(fù)雜機(jī)制”，“我們相信，應(yīng)用目前的技術(shù)比如表型分型，結(jié)合新型技術(shù)比如Genome Sequencer FLX 系統(tǒng)超深度測序?qū)εR床結(jié)果數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，也許能揭示這些復(fù)雜病毒機(jī)制，并最終達(dá)到更好的HIV 治療效果。”

454 生命科學(xué)公司總裁，首席執(zhí)行官Christopher McLeod 表示，“這些研究都證明了454 測序能用于病毒疾病以及潛在治療方法的研究”，“開發(fā)創(chuàng)新的治療方法，比如新型HIV 藥物，常常需要伴隨合適的工具以便為特定的病人恰當(dāng)?shù)剡x擇合適的治療方案。我們相信，在不遠(yuǎn)的將來，454 測序系統(tǒng)的靈敏度，準(zhǔn)確度和速度必將有助于改變監(jiān)控和治療HIV 的方式。”

454 生命科學(xué)是羅氏應(yīng)用科學(xué)旗下卓越的中心之一，開發(fā)并商業(yè)化了創(chuàng)新的454 測序系統(tǒng)，用于超高通量的DNA 測序。具體的應(yīng)用包括基因組的從頭測序和重測序、宏基因組學(xué)、RNA 分析和DNA 目標(biāo)區(qū)域的定向測序。454 測序系統(tǒng)的特點(diǎn)是樣品制備簡單且無偏向性，讀長包括配對末端讀長超長且準(zhǔn)確度高。454 測序系統(tǒng)的技術(shù)已經(jīng)催生了各個研究領(lǐng)域的幾百項(xiàng)經(jīng)同行評議的研究，例如癌癥和傳染病研究、藥物篩選、海洋
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